Der Kampf des Puppenspielers Interested Parties

Makoto ersetzt Kunugi als Kommandant und bringt einen neuen Mitarbeiter mit, der zufällig Reika ist. Mamoru scheint erfolgreich aus Tokio geflohen zu sein, Ayato zu finden und Megumi zu treffen. Ein neuer Dolem namens Obligato wird in der Nähe der Basis gesichtet und das Alpha-Geschwader macht sich zum Angriff auf. Es scheint, dass Obligato direkt mit Mamoru verbunden ist, ohne dass Ayato es weiß. Donny Wong wird im Kampf getötet, bevor der RahXephon Obligato den Arm ausreißt, in dem sowohl Jean-Patrick Shapplin als auch Cathy McMahon seinen Tod betrauern.