Von hier bis in alle Ewigkeit Where the Sweet Bird Song

Kunugi kehrt als Kommandantin zur Basis zurück und auch Haruka nimmt ihre Position zurück. Masayoshi Kuki droht der TERRA-Organisation, ihm innerhalb eines Tages das RahXephon zu übergeben oder sich einem herannahenden Dolem namens Largo zu stellen. Nirai-Kanai wird danach auf die Basis evakuiert, während Kunugi die einzige Person ist, die zurückbleibt, um die Verteidigungssysteme zu bedienen. Es wird enthüllt, dass Kuki während des Mulian-Krieges der Vorgesetzte von Kunugi war. Ixtli bittet Ayato, in die Stimmung einzutreten, sonst geht die gesamte Menschheit verloren und vergessen. Da Kunugi anscheinend von Largo überwältigt wird, aktiviert er das Jupiter-Systemgerät als seine Geheimwaffe, um auf Kuki zurückzuschießen und die gesamte Insel zu zerstören.