Der unklare Ton des Gottes Deus Ex Machina

Der RahXephon schleudert eine Regenbogenwelle direkt vom Himmel auf Obligato und schickt eine Massenvernichtung über die ganze Stadt. Mehr Opfer sind gestiegen und viele der Flotten haben sich verringert. Haruka und Kim sind traurig, als Elvy und Souichi zu denen gehören, die im Kampf gefallen sind. Makoto wird von Helena vor Itsuki erschossen, weil sie ein defektes geklontes Produkt der Stiftung ist. Ayato und Quon werden als Hälften von RahXephon erkannt und enthüllen den Zweck ihrer Existenz.